内丹学在流传过程中由于师承的不同、掌握的重点不同等原因，形成了不同的流派。 有以修性为主者，有以修命为主者；有主清修者，有主阴阳双修者。 这些流派，都自称渊源于唐末五代钟(离权)吕(洞宾)的金丹派。 按传统的划分法，主要可分为南、北宗和东、西、中派。
　　南宗创始者为南宋张伯端，其代表作《悟真篇》被奉为与《周易参同契》同样重要的内丹学著作。 该派以“先命后性”的修炼方式著称，其代表人物多出自南方，故名南宗。 南宗内部又分为清修派和阴阳双修派两个支系。
　　北宗创始者为金代王重阳，流行于江北，在修炼方法上主张先性后命，且以性功为主。倡清静独修。
　　北宗与南宗在元代经陈致虚的大力会通实现了合流，从此成为全真教内部的两宗。
　　中派为元代李道纯所创立。 原本无宗名，因其丹法以“守中”为要，故名。该派把儒家的“中和”思想融于道教的修炼论，始终以“守中”为要诀，认为“中”即玄关一窍，为人性命之根。 明代的《性命圭旨》、清代传《乐育堂语录》的黄元吉以及传中黄直透功夫的闵小艮均被视为中派。
　　东派为明嘉靖时陆西星所创。 此派功法源于南宗，主阴阳双修，但非御女采战之术，而是神交气交，双修双补。 其要点在“凝神聚气”，“道法自然”。 明末着《金丹真传》的孙汝忠、清代编《道书十七种》的傅金铨，其丹法均与束派相类似。
　　西派由李西月于清嘉庆至咸丰年间开创。 其丹法特点是清静与阴阳合用，第一步主清静自然，第二步主阴阳双修。 此派功法层次多，如筑基分小筑基、大筑基，炼己分内炼己、外炼己，炼心法分为九层，药物分作三层，炼功分为五关等。 清末着《性命要旨》、《教外心法》、编印《道统大成》的汪束亭，着《养生篇》的柯怀经，及近人苏州徐颂尧（海婴）均属西派。