东汉魏伯阳著的《周易参同契》，是第一部专门论述内丹法诀的仙学著作。《参同契》以周易象数学的卦爻作符号，以日月运行的规律作理论框架，以外丹炉火的铅汞反应作模型，来论述阴阳交感男女合炁的秘术。《参同契》之学认为炉火烧炼的地元丹法、阴阳栽接的人元丹法、清净孤修的天元丹法是相通的，可以统一在《参同契》的体系之中。《参同契》将男女双修的阴阳派丹法秘诀用隐语记载下来，贯通清修丹法和外丹炉火，被后世丹家尊为“万古丹经王”。《参同契》的传世标志着内丹学的形成。
　　魏晋时传世的《黄庭经》和葛洪的《抱朴子内篇》，都隐藏有内丹法诀。《黄庭经》已开始将内丹称作“子丹”、 “玄丹”，重点研习了存神、意守三丹田、内视、调息为主的清修丹法。《黄庭外景经》强调了头部泥丸宫在炼神功夫中的作用。其中“中有真人巾金巾，负甲持符开七门，此非枝叶实是根，昼夜思之可长存”，和瑜伽术修七轮功夫暗合，为中黄直透丹法。《抱朴子内篇》中亦隐有两段丹诀，一为《微旨》篇中的“真人守身炼形之术”，属清修丹法；一为《微旨》篇中的“二山求生之道”，属阴阳丹法。《黄庭内景经》已有“玄丹”之名 ( “若得三宫存玄丹，太一流珠安昆仑”) ，《抱朴子内篇＆#8226;微旨》也有“中丹”之说 ( “中丹煌煌独无匹，立之命门形不卒” ) ，实际上已将真气运行法称作炼丹了。《南岳思大禅师立誓愿文》中天台宗三祖僧人慧思引道入佛，“为护法故求长寿命”，“借外丹力修内丹，欲安众生先自安”，使外丹、内丹之名见于史籍 。