宋代以来 . 内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之，成熟的内丹学，由吕洞宾、陈传、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法，后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者。地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲黄帝一、王乔、赤松、老子。一派自称传自关尹子 ( 文始真人 ) ，号文始派，由陈传传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫 ( 汉代人 ) ，称少阳派，自称由王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属无上至真之妙道，顿超直人，修性丽兼修命，乃天元丹法。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于入手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。实际上这些众多的门派，从丹法上讲，略分两类 . 其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的胎息法门，其他不过是清修派和阴阳派的结合体而已。
　　 内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端 (987 一 1082 年 ) 又名用成，字平叔，号紫阳真人，天台人，晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端传石泰 ( 号杏林 ) ，石泰传薛道光 ( 法号紫贤 ) ，薛道光传陈楠 ( 号翠虚，人称陈泥丸 ) ，陈楠传白玉蟾 ( 号海琼子，封紫清真人 ) ，被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为阴阳双修法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耙、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
　　南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗所传阴阳栽接功夫，在炼精化悉一步，主张由彼家身上采取先天一炁之坎中阳爻，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素相、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金锉等皆主阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使阴阳丹法成为南宗特色。
　　北宗创自金代全真教祖王重阳。王重阳 (1112 一 1170) 名品，字知明，号重阳子，陕西人，于甘河镇上遇异人授丹诀，炼养三年丹成。后王重阳东游山东半岛传道，收马钰 ( 号丹阳子，创遇山派 ) 、谭处端 ( 号长真子，创南无派 ) 、刘处玄 ( 号长生真人，创随山派 ) 、丘处机 ( 号长春子，开龙门派 ) 、王处一 ( 号玉阳真人，开箭山派 ) 、郝大通 ( 号广宁真人，开华山派 ) 、孙不二 ( 马压之妻，号清静散人，开清静派 ) 。王重阳所创内丹为禅道结合的清修法诀。北宗丹法先性功后命功，重在性功 . 以丘处机的龙门派为代表。其法诀在于降心炼性，把断眼耳口鼻四门，不令外景入内，使心如止水，性似明镜，凝合神炁，回光寂照，以改造人体素质。王重阳及全真七子皆用了数年时间静坐修道，道成之后皆开发出人体潜能，个中秘诀，大约就在“活死人”三个字上。全真道乃融汇儒释道三教之道，内丹北宗亦汲取了禅宗、密宗、瑜伽功夫的长处，对南宗内丹功夫有所革新和发展。然而南北宗丹法既同源于钟吕内丹系统，则在本质上是统一的，都是对人体精气神的凝炼工程。实际上北宗马钰、刘处玄皆习过男女双修丹法。自马钰、宋德方、李双玉、张紫阳，到赵友钦 ( 缘督子 ) 、陈致虚一脉相传，为北宗主阴阳双修的支派。