自明中叶后，道教衰微的势头已较为明显。到了清代，朝野重佛抑道。乾隆年间（1736—1795年）宣布黄教为国教，道教为汉人的宗教；限制天师职权，取消其道教之首的地位，由二品降至五品，并禁止其差遣法员传度。到了道光（1821—1850年）年代，又取消了传统的张天师朝觐礼仪。道教丢失了与朝廷的联系，其地位逐渐下降。
    清代满州贵族兴起于关外，入关之前已信奉藏传佛教，入关后重视利用儒学治国，对道教虽仍予以保护，但远不及明朝那样尊崇。清初顺治、康熙、雍正三朝为笼络汉人，对道教还略有重视和利用，依明朝旧例封赠正一真人，令其掌管天下道教。顺治八年（1651年），第52代天师张应京入朝觐见，敕授正一嗣教大真人，掌天下道教事，给一品印。顺治十二年，第53代天师张洪任入觐，袭封大真人，并敕免本户及龙虎山上清宫各色徭役。康熙皇帝曾命第54代天师张继宗进香五岳，祁雨治河，袭封大真人，授给光禄大夫品级。雍正皇帝笃信禅宗，对道教方术亦感兴趣。认为“道教炼气凝神，与儒家存心养气之旨不悖”。雍正五年（1727年），第55代天师张锡麟入觐，依前朝旧例袭封大真人，授光禄大夫。雍正皇帝晚年多病，于雍正九年召龙虎山正一道士娄近垣入宫，设坛礼斗，以符水治病有验。娄近垣因此被封为妙应真人，赐四品龙虎山提点，又拨官银修茸龙虎山宫观，置买香火田数千亩。娄近垣在清代正一道士中最有学问，撰有《龙虎山志》18卷，文字通达。又撰《阐真篇》，对禅宗及全真道内修法颇有见识，被选入雍正所编《御选语录》。
    自乾隆时代起，因统治者极力推崇儒家理学，释道二教的地位大为贬降。清代正一道虽趋衰微，但在民间仍有一定影响。据康熙六年统计，全国道士有21286人，约当僧尼总数的五分之一。自乾隆年间废除僧道度牒制以后，僧道数量增长很快。而且随着清朝疆域地开拓，汉族向边疆地区迁移，一些原来很少有道教的地区，如东北、新疆、内蒙、台湾等地，也陆续建起道教宫观，有道士住持，供奉香火。据《诸真宗派总簿》所记，正一、茅山、清微、灵宝、净明等符箓道派至清末皆传承不绝，尤以正一、清微两派分支最多。此外还有奉萨守坚的西河派、天山派、奉真武大帝的武当派，以及九宫山派、张玉皇高上派等正一支派。这些道派虽传承不绝，但其学说及修持方法多已相互融合，彼此区别不大。
    清朝初年，全真道再次面临与其初创时期相似的形势。500多年前曾入主中原的金朝女真族后裔，又一次趁乱入关，建立了大清帝国。民族矛盾又趋尖锐，剃发易服之辱，折磨着汉族人士的心灵。全真道龙门派宗师王常月应运而出，以振兴道教，恢复祖风自任，传戒弘教，使明代沉寂已久的全真龙门派出现了中兴景象。
    除东南地区外，清初至乾嘉年间，全国各地，甚至全真道历来影响甚微的东北、西北、西南地区，也都出现龙门派活动的踪迹。在东北，有辽阳道士郭守真于明末赴马鞍山师事龙门第7代道士李常明，后返归辽东，隐居本溪铁刹山八宝云光洞修道30余年。康熙初年应盛京将军乌库礼之请，住持盛京（今沈阳）太清宫传戒，受戒者先后达数百人。在西北，有龙门派第11代道士刘一明，隐居甘肃金县栖云山修炼多年，往来于兰州，陇上士庶多与之交往。刘精通内丹易学，著有《道书十二种》，流传颇广。在江西有龙门第八代道士徐守诚，隐居西山修炼，门下有谭太智、张太玄、熊太岸等弟子。在广东有龙门派第11代道士曾一贯，于康熙年间入罗浮山任冲虚观住持，其徒柯阳桂门下弟子百余人。在四川有龙门第10代道士陈清觉，于康熙初年从湖北武当山来到青城山，后住持成都二仙庵，开创龙门碧台丹洞宗。二仙庵与武昌长春观、西安八仙庵并称为天下龙门派大丛林。
    在云南鸡足山，还有被称作“龙门西竺心宗”的特殊道派。该派创始人鸡足道者（原名野怛婆阇），本为月支国人，自称元末从印度来滇，精通“西竺斗法”，常诵咒不绝。顺治十六年（1659年）鸡足道者赴北京白云观皈依王常月门下，受龙门戒法，改名黄守中，成为龙门派8代弟子。后归鸡足山，创“龙门西竺心宗”。直至乾隆五十五年（1790年），闵一得游历鸡足山，还曾见到黄守中，并从他受西竺斗法而归。
    总之，自明末清初至清代中叶，龙门派遍传全国各地，其势力远远超过正一道派及其它全真道派，与佛教禅宗五派中的临济宗地位相当，故世有“龙门、临济半天下”之说。